Γεννήθηκε στην Αθήνα το 1923. Αν και σπούδασε στην ΑΣΚΤ κατά τη δεκαετία του 1940 με δάσκαλο τον Παρθένη, ζωγράφιζε περισσότερο εκτός Σχολής και υπήρξε ένας από τους πρωιμότερους «μοντέρνους» της μεταπολεμικής Ελλάδας. Παρουσίασε την πρώτη του ατομική έκθεση το 1945 στο σπίτι του, στην Αθήνα, ενώ η δεύτερη (1947, Παρνασσός) προκάλεσε θόρυβο και αρνητικές κριτικές, λόγω της τολμηρής μορφής των έργων, που περιείχαν ήδη στοιχεία σουρεαλιστικά, κυβιστικά και αφαιρετικά. Εξαρχής προσανατολισμένος προς την ευρωπαϊκή πρωτοπορία, έγινε ιδρυτικό μέλος της ομάδας «Οι Ακραίοι» (1949) του Αλέκου Κοντόπουλου, μαζί με τον οποίο συμμετείχε και στη Μπιενάλε του Sao Paulo το 1953.
Το 1954 εγκαθίσταται στο Παρίσι, αρχικά με υποτροφία του Ιδρύματος Ευαγγελιστρίας Τήνου. Εξοικειώνεται με τις σύγχρονες τάσεις και συμμετέχει στην ευρωπαϊκή καλλιτεχνική ζωή. Το 1959, στη Ρώμη, γίνεται μέλος της ομάδας Gruppo Sigma, μαζί με τους Κανιάρη, Κεσσανλή, Κοντό και Τσόκλη.
Στις αρχές της δεκαετίας του ’60 μερικές παραστατικές μορφές αρχίζουν να εμφανίζονται στην (έως τότε) αφαιρετική χειρονομιακή ζωγραφική του. Βαθμιαία θα μορφοποιηθεί το χαρακτηριστικό ανθρωπάκι, σήμα κατατεθέν της νέας, απολύτως προσωπικής, νεοπαραστατικής γραφής του, η οποία θα τον κάνει διεθνώς γνωστό. Τα πανομοιότυπα ανθρωπάκια, σύμβολα του αστικού καθωσπρεπισμού και της αποπροσωποποίησης, θα κυριαρχήσουν έκτοτε στο έργο του σε ποικίλες παραλλαγές, συχνά ως ξύλινες κατασκευές ή χρηστικές εφαρμογές ή σε εικαστικές δράσεις. Σε συνεργασία με το σκηνοθέτη Serge Bergon, ο ζωγράφος έκανε το ανθρωπάκι πρωταγωνιστή της ταινίας Gaitis le Baladin (1971).
Σε όλη τη διάρκεια της καριέρας του ανέπτυξε μεγάλη εκθεσιακή δραστηριότητα στο εξωτερικό αλλά και στην Ελλάδα, όπου επέστρεψε οριστικά το 1974. Το έργο του απέκτησε μεγάλη δημοτικότητα (σε πείσμα των επικριτών του), χάρη στο ιδιότυπο εικαστικό του ιδίωμα, την εξαιρετική του παραγωγικότητα και την επιμονή του να φέρνει με κάθε τρόπο την τέχνη του σε επαφή με όσο το δυνατόν ευρύτερα κοινωνικά στρώματα. Θα χαιρόταν ασφαλώς που τα ανθρωπάκια του έχουν τοποθετηθεί και στο Σταθμό Λαρίσης του αθηναϊκού Μετρό.
Πέθανε στην Αθήνα το 1984, μια εβδομάδα μετά τα εγκαίνια της μεγάλης έκθεσής του στην Εθνική Πινακοθήκη.
Έργο αναφοράς για τη δουλειά του είναι η δίγλωσση έκδοση Γιάννης Γαϊτης. Κριτικός Κατάλογος / Catalogue Raisonné (Angers, 2003), που επιμελήθηκε η κόρη του Λορέττα Γαΐτη-Charrat. Το 2006 διοργανώθηκε αναδρομική του έκθεση στο Μουσείο Μπενάκη και το 2009 εκδόθηκε η τελευταία μονογραφία για το έργο του.