Γεννήθηκε στο Σουφλί το 1906. Το 1923 γράφτηκε στο Σχολείον των Τεχνών της Αθήνας (μετέπειτα ΑΣΚΤ) και αποφοίτησε το 1930 από το εργαστήριο του Παρθένη. Εργάστηκε επί σειρά ετών ως καλλιτεχνικός σύμβουλος, σχεδιαστής και συντηρητής στην Αρχαιολογική Υπηρεσία (1930-1958) και στη Διεύθυνση Ιστορικών Μνημείων (1943-1956), συμμετέχοντας σε ανασκαφές και αρχαιολογικές έρευνες και δημιουργώντας αντίγραφα έργων της αρχαιότητας ή της βυζαντινής εποχής. Παρακολούθησε επίσης εργαστήρια συντήρησης διαφόρων υλικών, στο Istituto di Restauro της Ρώμης, με υποτροφία του ιταλικού κράτους (1953-1954). Η πολύχρονη εμπειρία του σε αυτό τον κλάδο, έπαιξε ρόλο και στην εξέλιξη του προσωπικού του καλλιτεχνικού έργου.
Η ζωγραφική του ήταν αρχικά παραστατική, αλλά σύντομα εξελίχτηκε, ακολουθώντας τις αφαιρετικές τάσεις της δεκαετίας του ’50 και ’60. Μέχρι την πρώτη ατομική έκθεση στην Αθήνα (1961, Ζυγός), είχε αρχίσει να διαμορφώνει το προσωπικό του ιδίωμα, συνδυάζοντας στοιχεία από τον κυβισμό και τη λυρική ή εξπρεσιονιστική αφαίρεση. Σε πολλά έργα του ενσωματώνει υλικά όπως άμμο ή χαρτί, που δίνουν μια ανάγλυφη όψη στην επιφάνεια των πινάκων. Η ποιητική και στοχαστική διάσταση της ζωγραφικής του εκφράζεται άλλοτε με την ένταση της μονοχρωμίας, άλλοτε με τη χειρονομιακή κίνηση των χρωματικών κηλίδων. Θεωρείται ως ο κατεξοχήν πρωτοπόρος της αφηρημένης τέχνης στη Βόρειο Ελλάδα, αν και στα τελευταία έργα του η αφαιρετική γραφή συνυπάρχει με την απεικόνιση αναγνωρίσιμων μορφών.
Παράλληλα με τη ζωγραφική του, ασχολήθηκε με το ψηφιδωτό, το φρέσκο, την υαλογραφία, τη χαρακτική, τις γραφικές τέχνες και το σχεδιασμό αντικειμένων καθημερινής χρήσης. Άρθρα και μελέτες του για την τέχνη έχουν δημοσιευθεί στον Τύπο. Ήταν μέλος των καλλιτεχνικών ομάδων "Στάθμη" και "Εργαστήρι".
Το 1962 εκλέχθηκε καθηγητής στην έδρα Ζωγραφικής του Σπουδαστηρίου Εικαστικών Τεχνών του Τμήματος Αρχιτεκτόνων του Α.Π.Θ., όπου προσέφερε σημαντικό διδακτικό έργο, έως το θάνατό του (1968, Θεσσαλονίκη).
Παρουσίασε το έργο του σε περιορισμένο αριθμό ατομικών και ομαδικών εκθέσεων, στην Ελλάδα και το εξωτερικό. Συμμετείχε στις Μπιενάλε της Αλεξάνδρειας (1958), του Sao Paulo (1961) και της Βενετίας (1968). Μεταθανάτιες αναδρομικές εκθέσεις του έργου του οργανώθηκαν στη Θεσσαλονίκη το 1969 (Μακεδονική Καλλιτεχνική Εταιρία Τέχνη), το 1984 (Βαφοπούλειο Πνευματικό Κέντρο), το 1989 (Βελλίδειο Ίδρυμα) και στην Αθήνα (Εθνική Πινακοθήκη, 1989). Το 1978 κυκλοφόρησε η μονογραφία Χρήστος Λεφάκης, Ο ζωγράφος και το έργο του, από τις εκδόσεις Εγνατία. Η τελευταία του αναδρομική έκθεση πραγματοποιήθηκε στο Βαφοπούλειο Πνευματικό Κέντρο της Θεσσαλονίκης το 2006, για τα 100 χρόνια από τη γέννησή του.