Γεννήθηκε στη Λαμία το 1904. Σε νεαρή ηλικία μαθήτευσε κοντά στον αγιογράφο Γ. Σαραφιανό, έκανε μάλιστα και ατομική έκθεση σε καφενείο της Λαμίας, το 1923. Μετά σπούδασε στην ΑΣΚΤ της Αθήνας με τους Ιακωβίδη, Γερανιώτη, Μαθιόπουλο και Νικόλαο Λύτρα (1923-1929). Παράλληλα βιοποριζόταν κάνοντας εικονογραφήσεις. Συνέχισε τις σπουδές του στο Παρίσι (1930-1932), με τους P. Le Doux και H. Morisset. Επέστρεψε για λίγο στην Ελλάδα, έκανε την πρώτη του επίσημη ατομική έκθεση (1932, Ερμής), συνδέθηκε με τους αριστερούς κύκλους των "Νέων Πρωτοπόρων" και το 1934 συμμετείχε στην ίδρυση της ομάδας "Ελεύθεροι Καλλιτέχνες". Το 1935 ξαναγύρισε στο Παρίσι, όπου παρακολούθησε μαθήματα στην Ecole des Beaux Arts και στις ακαδημίες Colarossi και Grande Chaumiere, ως το 1939, οπότε εγκαταστάθηκε μόνιμα στην Αθήνα.
Στη διάρκεια της Κατοχής έλαβε μέρος στην Αντίσταση και το 1944 συμμετείχε στις πρωτοβουλίες για την ίδρυση του Καλλιτεχνικού Επιμελητηρίου. Σε όλο αυτό το διάστημα η στάση του απέναντι στη μοντέρνα τέχνη ήταν επιφυλακτική, σχεδόν αρνητική, και η ζωγραφική του διατηρούσε ένα ρεαλιστικό προσανατολισμό, με τάσεις κοινωνικής κριτικής. Το 1941 διορίστηκε ως μουσειακός καλλιτέχνης στο Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο, όπου εργάστηκε ως το 1969.
Γύρω στο 1947 επιχείρησε μια στροφή προς την ανεικονική ζωγραφική, την οποία υπερασπίστηκε σθεναρά τα επόμενα χρόνια, με το έργο του και με τα κείμενά του. Το 1949 τέθηκε επικεφαλής της ομάδας "Οι Ακραίοι", η οποία συνετέλεσε στη διάδοση των αφαιρετικών μορφών στην Ελλάδα. Η σχέση του με την αφηρημένη ζωγραφική, αν και δεν έγινε ποτέ αποκλειστική ούτε μόνιμη, συνδέθηκε με τον ιστορικό του ρόλο, ως καλλιτέχνη και διανοούμενου, στον εκσυγχρονισμό της ελληνικής τέχνης.
Έχει εκδόσει κείμενα διαλέξεών του και δοκίμια για την τέχνη: Η σημερινή ζωγραφική (1951), Εγκώμιον της Σιωπής (1970), Ενθύμιον ποιούμαι την Τέχνην - Αισθητικά δοκίμια (1971) και Η πνευματική ευθύνη (1973).
Παρουσίασε το έργο του σε ατομικές και ομαδικές εκθέσεις στην Ελλάδα και το εξωτερικό. Συμμετείχε στις Μπιενάλε του Sao Paulo (1953, 1955 -αργυρό μετάλλιο- και 1957), της Αλεξάνδρειας (1959) και της Βενετίας (1960). Το 1973, απέρριψε το Α’ Κρατικό Βραβείο που του είχε απονεμηθεί, διαμαρτυρόμενος κατά του δικτατορικού καθεστώτος.
Πέθανε στην Αθήνα το 1975. Ένα χρόνο αργότερα, το 1976, οργανώθηκε αναδρομική έκθεση του έργου του στην Εθνική Πινακοθήκη. Ακολούθησαν και άλλες αναδρομικές στην Ελλάδα και το εξωτερικό.
Με δωρεά της συζύγου του, το σπίτι του παραχωρήθηκε στο Δήμο Αγίας Παρασκευής και, από το 1999, λειτουργεί ως Δημοτική Βιβλιοθήκη και Μουσείο Αλέκου Κοντόπουλου, ενώ στη Δημοτική Πινακοθήκη Λαμίας «Αλέκος Κοντόπουλος» υπάρχει μόνιμη έκθεση αντιπροσωπευτικών έργων του.