Το Μουσείο Μπενάκη αποτελεί τον παλαιότερο μουσειακό οργανισμό που λειτουργεί στην Ελλάδα ως Ίδρυμα Ιδιωτικού Δικαίου. Ιδρύθηκε το 1929 από τον Αντώνη Μπενάκη. Με αρχικό πυρήνα την προσωπική συλλογή του ιδρυτή, στεγάστηκε στην οικία της οικογένειας Μπενάκη, στην οδό Κουμπάρη 1.
Το Μουσείο φιλοξενεί αντιπροσωπευτικά έργα και τεκμήρια όλων των εποχών της ελληνικής και παγκόσμιας καλλιτεχνικής παραγωγής. Ο ιδιαίτερος χαρακτήρας του έτυχε μεγάλης ανταπόκρισης και κίνησε το ενδιαφέρον νέων ευεργετών και δωρητών, χάρη στους οποίους τα περιουσιακά του στοιχεία πολλαπλασιάστηκαν, οι συλλογές του εμπλουτίστηκαν και οι δραστηριότητές του διευρύνθηκαν. Σημαντικό ρόλο έπαιξε η επέκταση των κτιριακών του εγκαταστάσεων και η δημιουργία πολλών παραρτημάτων, όπως τα εξής:
- Το νέο κτήριο της οδού Πειραιώς 138, που εγκαινιάστηκε το 2004, όπου πραγματοποιούνται περιοδικές εκθέσεις νεοελληνικής και σύγχρονης τέχνης και αρχιτεκτονικής και φυλάσσονται τα Αρχεία Νεοελληνικής Αρχιτεκτονικής. - Το Κτιριακό συγκρότημα Κεραμεικού (Αγίων Ασωμάτων 22), δωρεά του Λάμπρου Ευταξία, όπου στεγάζονται, από το 2004, οι συλλογές Iισλαμικής τέχνης. - Η Οικία Δέλτα στην Κηφισιά, όπου στεγάζεται, από το 1994, το Τμήμα των Ιστορικών Αρχείων. - Το Κτήριο Πινακοθήκης Νίκου Χατζηκυριάκου-Γκίκα, στην οδό Κριεζώτου 3, δωρεά του καλλιτέχνη στο Μουσείο Μπενάκη. Το 1991 άρχισε να λειτουργεί σε ένα τμήμα του μόνιμη έκθεση με έργα από όλους τους τομείς της δημιουργίας του δωρητή. Μετά από παύση λειτουργίας για τη συντήρηση και την ανάπλαση της, η Πινακοθήκη άνοιξε ξανά το 2012, με επιπλέον χώρους για την ανάδειξη της πνευματικής και καλλιτεχνικής δημιουργίας της Ελλάδας από το τέλος του Α΄ Παγκοσμίου Πολέμου έως τις παραμονές της Δικτατορίας του 1967. - Το εργαστήριο του Γιάννη Παππά, στην περιοχή Ζωγράφου, δωρήθηκε το 2002. Συγκεντρώνει έργα του καλλιτέχνη στο χώρο της οικογενειακής του κατοικίας. Το εργαστήριο συνεχίζει να αποτελεί χώρο εργασίας για τους φοιτητές της Ανώτατης Σχολής Καλών Τεχνών. - Τέλος η «Δωρεά Μέντη» περιλαμβάνει το κτίριο της παλιάς βιοτεχνίας στην οδό Πολυφήμου 6, με το σύνολο των αποθηκευμένων εμπορευμάτων και τον εξοπλισμό της ομώνυμης νηματουργίας.
Το Μουσείο Μπενάκη υποστηρίζει ποικίλες ερευνητικές δραστηριότητες, σε ένα ευρύ φάσμα γνωστικών πεδίων, από τις Πολιτισμικές και Κοινωνικές Επιστήμες μέχρι την Πληροφορική και την Τεχνολογία. Η σύνθετη δομή του περιλαμβάνει Τμήμα Συντήρησης Έργων Τέχνης, Τμήμα ∆ιαχείρισης Φωτογραφικού Υλικού, Τμήμα Πληροφορικής, καθώς και αρχεία Ιστορικά, Φωτογραφικά, Νεοελληνικής Αρχιτεκτονικής και Παραστατικών Τεχνών.
Διευθυντής του Μουσείου Μπενάκη τα τελευταία 41 χρόνια, μέχρι το 2014, ήταν ο Άγγελος Δεληβοριάς.